地区本部を設けるメリットは加盟店契約のスピーディー化だけでなく、契約後の加盟店へのサポートが行き届くというメリットもあります。
本部が一社だけでは各加盟店へのサポートが充分に行き届かない場合や時間を要することがありますが、各地区本部が担当する地区の加盟店のサポートを行うことでサポート内容を充実させることができます。

問題点としては加盟店は各地区本部とフランチャイズ契約を交わすため、本部と地区本部との格差が生まれてしまった場合に不安が生じる点です。
地区本部は資本などの点でどうしても本部を上回ることはできないため、加盟店としては不安があります。
フランチャイズ契約を交わした地区本部が倒産してしまうと、マスターフランチャイザーである本部が継続していても契約が途中で切れてしまう恐れがあります。
地区本部制はメリットとデメリットの両方がありますが、加盟店の多いフランチャイズでは地区本部制は重要な役割を担います。